便通異常の原因には、食事や生活習慣の乱れ、過敏性腸症候群（IBS）による腸の動きの乱れ、消化器疾患（大腸ポリープ、大腸がん、クローン病、潰瘍性大腸炎など）、薬の副作用、腸内細菌のバランスの乱れ、内分泌異常（甲状腺機能低下症など）などがあり、これらが便秘や下痢、交替便通などの症状を引き起こすことがあります。

過敏性腸症候群（IBS）
ストレスや食事の影響で腸の動きが乱れ、便秘や下痢、交替便通が生じる疾患です。

大腸ポリープ
大腸にできる良性の腫瘍で、便通異常や血便を引き起こすことがあります。

大腸がん
大腸にがんが発生し、便通異常や血便、体重減少などの症状が現れることがあります。

クローン病
消化管のどの部分にも炎症が生じる疾患で、下痢や腹痛、体重減少が特徴です。

潰瘍性大腸炎
大腸の粘膜に炎症が起き、下痢や血便、腹痛が伴う疾患です。

腸閉塞
腸が部分的または完全に閉塞し、便通異常や腹痛が生じます。

腸内フローラの乱れ
腸内細菌のバランスが崩れることで、便通異常や腹部不快感が起こることがあります。

甲状腺機能低下症
甲状腺ホルモンの不足が便秘を引き起こすことがあります。

便通異常の原因を特定するためには、内視鏡検査（大腸カメラ）で大腸内部を観察し、ポリープやがん、炎症などの異常を確認したり、便潜血検査で便に血液が含まれているかを調べ、消化管からの出血を確認したり、CT検査で腹部の画像を撮影して腫瘍や炎症の有無を調べるほか、血液検査で貧血や炎症、ホルモン異常を確認し、腹部エコー検査で腸の状態や腸管の動きを調べ、腸内フローラ検査で腸内細菌のバランスを調べることがあり、必要に応じてX線検査（バリウム検査）で消化管の形状や異常を確認することもあります。